约5%-33%的门脉高压症患者会出现胃底静脉曲张，多继发于各种肝病引起的肝硬化终末失代偿期，较食管静脉曲张发病率少。若为门脉高压导致胃内血管回流障碍出现静脉曲张，在病因没有去除前不会自愈。肝硬化无法逆转，出现胃底静脉曲张后可进行肝移植治疗，所以肝硬化所致胃底静脉曲张无法自愈。
部分胃底静脉曲张见于左半门脉高压症，由于脾静脉狭窄或梗阻导致区域性门脉高压，临床较为少见，表现为孤立性胃底静脉曲张。急慢性胰腺炎、胰腺肿瘤导致门脉血栓形成是左半门脉高压症的常见病因。脾切除或部分脾栓塞治疗后区域性门脉高压可能缓解，此类病因所致的胃底 静脉曲张可能消退。