宝宝喉咙处有疱疹，一般考虑是疱疹性咽峡炎，大多是病毒感染引起，但临床并没有特效针对疱疹性咽峡炎的抗病毒药物。一般认为在发现疱疹24-48h，使用干扰素雾化吸入或者是局部喷雾治疗，这样可以早期迅速将病毒抑制住，可以让疾病恢复得更迅速。
此外，其它的治疗主要是以对症治疗为主，一方面要注意宝宝的口腔卫生，让宝宝多漱口、勤刷牙，保持口腔处于清洁状态。同时宝宝的饮食要注意，由于局部有疱疹，宝宝会觉得疼痛，不敢吞咽食物，这种情况尽量以让宝宝吃流食为主。
流食当中尽量不要吃含盐分多的食物，因为盐分可能会刺激局部疱疹破溃的溃疡面，导致宝宝疼痛加重。可以尽量吃一些甜食，因为甜食一方面不会刺激溃疡面，还能够促进溃疡面的愈合，但吃完甜食之后一定要勤喝水、多漱口。
对于宝宝有发热的情况下可以对症治疗，如果是低中度 热，尽量以物理降温为主。如果超过38.5℃，可以口服退热药物治疗，一般疱疹性咽峡炎是自限性疾病，1周左右可以恢复至正常。