根据脊椎空洞症原因，可以选择不同手术方式。最常见原因为先天性小脑扁桃体下疝，也称为Chiari畸形，是由于后颅窝容积减小，比如先天颅底凹陷或扁平颅底，部分患者还合并有小脑扁桃体肥大，导致颅骨容积减小。本应在颅腔内的小脑扁桃体，通过枕骨大孔疝入颈部椎管内蛛网膜下腔，压迫周围脊髓，影响脑脊液循环，引起空洞，需进行后颅窝减压和颅底重建。
需要通过手术，将枕骨大孔打开，增大后颅窝容积，适当去掉部分颅骨，形成后颅窝减压，同时通过手术，行周围缝合和硬膜重建，做颅底重建手术，改善周围脑脊液循环。手术过程中，根据 患者先天性小脑扁桃体下疝程度，选择是否打开硬脊膜，是否进行小脑扁桃体切除，均要根据影像结果与受压程度决定。