截瘫的患者会出现大小便的问题，临床上将其称为大小便的系统管理。患者早期一般会出现尿潴留，因此截瘫的患者早期会留置导尿，导尿管插入以后进行定期夹闭训练。经过前期的夹闭训练，患者即可进行所谓的间歇导尿。如果是四肢瘫的患者，因为不能自行处理，则会让陪客或者家属进行操作。截瘫患者因为手的功能尚存，所以也可以教会患者自己进行间歇导尿。间歇导尿即要清洁导尿，用导尿管排尿，等尿液放完后将导尿管拔除，并根据残余尿量制定非常严格的饮水计划。患者需按照饮水计划安排时间表，定期进行排尿。
一般截瘫的病人大部分会出现便秘，通常先要鼓 励患者进行粗纤维的饮食，可保持比较好的排便习惯；并且可以使用肛门的润滑剂，比如开塞露；还有可以服用轻泻剂软化大便；或进行手指进行肛门扩张的训练；此外，中医还有针对便秘的推拿治疗、腹部熏蒸、针灸治疗等。