子宫内膜异位症根据发病的不同部位，症状不同，如果长在卵巢上，称为巧克力囊肿；如果在腹膜里或在重要器官和植入点里出现结节，称为深部内膜异位症。深部内膜异位症，虽然结节很小，但有症状还是要进行手术，如果卵巢囊肿长到4-5cm，则会引起不孕，也要手术。如果囊肿2-3cm，且没有任何症状，没有生育要求，患者年龄在35岁以下，可用药物进行处理。
不是所有囊肿都需处理，要因囊肿大小、性质、症状以及要求、年龄，进行不同处理，即便做完手术后的巧克力囊肿，还要长期管理，并不是做完巧克力囊肿后就一劳永逸，巧克力囊肿容易复发。