疤痕即瘢痕，扁平疣进行激光治疗，在创面不感染的情况下，不会留下瘢痕。激光治疗可以去除扁平疣的疣体，虽然会在相应的皮肤上留下创面，但创面的深度非常精确且较浅。在伤口不出现感染的情况下，患者如果没有使用不当的药物或者用手抠拽创面结痂，就不会在皮肤上留下瘢痕。
当然，对于敏感的皮肤状态，可能会形成一些色素沉着，表现为局部可能发红，形成咖啡色，但这些颜色的变化并不影响皮肤的持久状态。这些红色、咖啡色的形态会随着时间推移，一般经过1-2个月，甚至长达2-3个月的自我恢复，局部形态就会消退，恢复到正常的皮肤颜色， 不会留下瘢痕。
但是如果患者由于自行不当的护理而导致感染，或者是外力刺激，使创面加深，就会在相应位置留下凹陷性瘢痕。一旦形成超过1个月的时间，此凹坑就说明瘢痕无法消退。