卵巢囊肿分为多种，根据不同种类患者的症状不同。常见为生理性囊肿，因为月经周期受卵巢控制，例如排卵前卵泡增大，可以存在囊肿，卵泡破裂以后自然消退。卵泡破裂以后会出现黄体，一般在月经前黄体萎缩，可以消失。生理性囊肿一般不会超过5cm，观察几个月以后一般会自行消失，患者无任何症状。
真正的卵巢囊肿根据体积、良恶性导致症状不同。良性囊肿一般情况体积较大，可以存在下腹憋胀症状，例如畸胎瘤出现卵巢囊肿蒂扭转以后，可以出现突发性一侧腹痛伴有恶心、呕吐的急腹症。70%的巧克力囊肿会伴有继发性进行性痛经，每次月经时疼痛剧烈，并且会随时间延长， 痛经会进行性加重，患者有时需要手术治疗。真正的卵巢囊肿需排除生理性囊肿，应该进行手术切除。
恶性卵巢囊肿即卵巢癌，卵巢癌是妇产科恶性程度较高的肿瘤，早期一般不会发现，发现以后一般伴有腹水。表现为双侧实性或囊实性，患者伴有全身消瘦、腹胀、腹水，肿瘤标志物升高。出现这种情况的患者应该及早进行手术，并辅助化疗。