对于类风湿性关节炎，引起自身免疫反应的因子较多，目前可以查到的类风湿因子便属于自身抗体。还有CCP抗体(抗环瓜氨多肽抗体)、核周因子、角质蛋白抗体以及抗Sa抗体等，均能在血液中测到，是自身免疫反应产生的自身抗体。
关节腔内能测到的自身细胞因子包括肿瘤坏死因子α、白介素-1、白介素-2、白介素-6，目前还能查到白介素-27等，均会参与类风湿性关节炎。这类患者的自身免疫性反应会造成滑膜增生、肥厚，还有新生血管形成，导致血管翳生成。但上述因子也会提供药物治疗、生物制剂制备以思路，即通过针对上述细胞因子所制成的生物制剂治疗类风湿性关节炎。