大多数情况下，肾结石0.9cm并不严重。如果结石形成了梗阻，而结石梗阻引起了一系列并发症，会使结石的处理复杂化。
结石如果形成梗阻，最常见的临床表现是出现肾绞痛。肾绞痛是患者脊肋角和腰部刀割样剧烈的疼痛，并向下腹部、腹股沟区及股内侧放射，男性可放射至阴茎头或者阴囊，女性可以放射到阴唇。
由于结石在局部的刺激，会引起黏膜的损伤。而黏膜的损伤会导致血尿，血尿90%为镜下血尿，而10%为肉眼血尿。结石梗阻时可以导致恶心、呕吐的发生，因为输尿管和胃肠道有共同的神经支配，会引起恶心、呕吐。
结石梗阻的最大问题，就是可能合并感染和肾功能的问题。如果结石梗阻，首先是引起肾积水，然后引起感染，从而出现脓毒血症。而梗阻以后，会导致急性或者慢性的肾功能不全。
所以对于0.9cm的结石，也应当积极进行处理。0.9cm的结石可以选择体外冲击波碎石，也可以选择输尿管软镜的手术。