肾囊肿5cm一般并不严重，但需观察囊肿位置以判断，主要分析如下：
1、肾盂出口：如果5cm的囊肿位于患者肾盂出口，即肾盂旁囊肿，可导致患者出现相应症状，甚至出现肾积水。由于肾盂是肾脏排尿的出口，存在于排尿出口的囊肿可压迫排尿出口，导致患者排尿不顺畅而出现肾积水；
2、其他位置：对于肾脏其他位置出现的5cm囊肿，一般并不严重，因为5cm的囊肿一般不会破裂，也不会引起严重的症状。
医学上对于4cm以上的囊肿，建议进行治疗。因为在循证医学或大样本的医学证据上，4cm以上的囊肿会对周围正常肾脏产生较明显的压迫作用，从而影响正常肾组织， 因此通常将4cm左右的囊肿作为手术指征。