脑干为大脑中枢，所有神经系统都要经过脑主干，控制支配外周神经。脑主干出血后遗症主要取决于出血量大小、出血部位，以及脱水降颅压处理是否及时。如果脑主干出血量小、出血部位不重要，后遗症就会很少，恢复比较快。
如果脑主干出血量较大，且出血部位比较重要，患者可能会表现为偏瘫、失语、吞咽障碍。如果脑主干出血特别多，对周围生命中枢产生挤压作用，即心跳、呼吸、循环系统、体温系统受到挤压，患者可立即出现昏迷。对于脑主干出血患者应及时手术治疗，术后尽早进行康复治疗，部分患者可以苏醒，但可能会留下肢体功能障碍，后续还需经过医院、家庭、 社区一系列康复治疗。