脑栓塞预防需根据栓塞原因进行。动脉粥样硬化斑块不稳定，脱落后会引起脑局部梗死，即脑卒中。预防可以加用药物稳定动脉粥样硬化斑块，如抗血小板聚集的阿司匹林、氯吡格雷，加他汀类降血脂药物。很多动脉硬化斑块形成都与高血脂、高血压有关系，如果同时有高血压、糖尿病，要控制血压、血糖。他汀类药物不仅可以控制血脂，同时可以稳定动脉粥样硬化斑块，从而达到预防脑栓塞的目的。
除动脉源性栓塞之外，还有心源性栓塞，有些患者由于心脏瓣膜疾病，如风湿性心脏瓣膜病、房颤或曾更换金属瓣膜，容易形成心源性栓子，脱落下来可能顺血流流至脑动脉引起脑动脉栓塞。对于这种患者治疗，在针对心脏疾病治疗的同时，要加用抗凝药物，如华法林、利伐沙班、达比加群，预防脑栓塞，特别是心源性栓塞。