绝大多数小的良性肾囊肿不会出现疼痛症状，往往是在体检时发现，如果囊肿出现了疼痛症状，需要做相应的检查，最常用的是泌尿系统彩超或腹部彩超、肾脏CT来进行确认。
如果是良性的囊肿，囊肿出现疼痛时，很可能发生了破裂以及感染的情况，这时在B超上，或肾脏CT上可以明确鉴别诊断，在腰部出现疼痛，而且向腹部或下腹部进行放射，同侧的腰肌可能出现痉挛性疼痛，而弯向疼痛侧方向。
如果是恶性，有可能是囊肿破裂或内部出现了出血造成的，这在肾脏B超上可能鉴别诊断不清楚，做相应的肾脏CT乃至强化CT，或肾脏磁共振可能有助于鉴别诊断，这时发生了疼痛以 后，需要泌尿外科来进行积极的切除处理才能使疼痛得到明显缓解。
如果莫名其妙的出现肾囊肿疼痛，而经过检查以后和肾囊肿关系不大，可能是肾区皮肤、肌肉或骨骼出现了异常造成疼痛，这时就需要仔细的进行鉴别诊断，到底是皮肤炎症、外伤还是腰肌劳损，还是骨骼的腰椎间盘突出，或骨质增生造成的肾区疼痛。