直肠切除的方法要根据疾病来选择，比如直肠癌有很多的切除方法，但是总体要进行根治性的直肠切除，根据癌灶距离肛门远近，我定是否进行保留肛门手术。癌灶距离肛门在5cm以上的患者可以保肛，目前通过腹腔镜手术对癌灶距离肛门在5cm以内的患者，可以通过一种特殊切除方法，经括约肌间的一个切除保留肛门功能。直肠根治性的切除以后，保留肛门将剩下的残余的结肠和直肠的残端进行吻合，恢复消化道连续性。如果不能保留肛门，需要进行直肠联合肛门的一个切除，然后进行结成的造口。
对克罗恩病、炎性肠病等疾病，有可能也要进行结肠联合直肠的切除。手术以后根据患者情况，选择结肠和残留直肠的吻合，还是进行肠造口手术，根据患者的病情进行具体选择。直肠切除方法包括途径，可以通过开放的手术来进行操作，这是一种传统操作，目前绝大部分的直肠切除都是通过腹腔镜下的微创来进行操作。