胃肠道间质瘤的治疗包括手术治疗和靶向药物治疗。手术切除是胃肠道间质瘤首选，而且是唯一可能治愈的方法。对于≥2cm的肿瘤都应手术切除，可以行局部切除或者楔形切除。由于间质瘤极少有淋巴结转移，因此不需要行常规的淋巴结清扫。手术方式可以选择开腹手术，也可以选择腹腔镜微创手术或者内镜下切除。靶向药物治疗，靶向药物的治疗分为术前治疗和术后辅助治疗。术前治疗主要适用于手术切除比较困难、风险比较大或不能完整切除的情况。
另外，对于特殊部位的间质瘤，为了保留脏器功能也可能需要进行术前靶向药物治疗。术后辅助治疗主要是针对中危和高危的间质瘤患者，目的是降低复发转 移率，推迟复发的时间。目前分子靶向药物治疗的药物主要是伊马替尼。