补铁药物服用后可能会有副作用，最常见的副作用是胃肠道反应，如部分人服用补铁药物后，会出现恶心、腹痛、便秘、腹泻的情况，偶尔有人觉得有明显金属味，服药后会出现大便发黑的情况。
上述症状都较轻，可以忍受。补铁药物还可以与饭一起服用，或增大服药间隔，如隔日服药，以减轻副作用。
若补铁药物的副作用都不能耐受，可能需要静脉补铁治疗。静脉补铁偶尔会出现严重过敏反应，通常较少用静脉补铁治疗，只有口服严重不能耐受，或口服不能吸收的情况下，才静脉补铁治疗。
静脉补铁通常需要住院治疗，因此能口服治疗的患者，尽量口服给药。口服给药副作用并不大，基本上都可以耐受，若副作用大，可以换用其他类型的铁剂，每个人对于不同铁剂的反应不同，找到一种适合自己的铁剂治疗即可。