狼疮性肾炎治疗相对较棘手，强调个体化方案，应根据不同患儿的情况综合分析，制定方案，在治疗中不断调整。首先进行狼疮性肾炎的临床分型、病理分型、活动性评估，即评估肾组织活动性的指数和慢性指数。活动性指数＞11分提示症状多且病情严重、预后不良，若慢性指数＞3分，肾脏10年的存活率仅有35%。
狼疮性肾炎患儿在初始治疗阶段应该每月一次专科门诊复诊，维持治疗阶段2-3个月复查一次，复查血常规、尿常规、尿蛋白定量、肝功能、肾功能、血沉、狼疮相关抗体、补体等。此外，还要监测体重、血压，进行狼疮性肾炎活动度 、器官功能等评估，观察药物不良反应。狼疮性肾炎治疗需要坚持长期、正规、合理的药物治疗，加强随访，尽可能恢复肾功能或保护残存肾功能，避免或减少药物不良反应。