慢性结膜炎是受炎症影响的慢性刺激，如不良的生活习惯、揉眼、不好环境刺激等，还有各种炎症因素刺激的慢性过程，治疗较漫长，可能比急性炎症要长。临床上，到季节交换时，过敏性结膜炎会有过敏症状，如眼痒、眼痛、眼红、流泪、结膜水肿等，需用抗过敏的局部眼药水滴眼，再配合人工泪液治疗，可能等季节过后，去除免疫过敏因素后方可恢复，有时需1-2个月，时间较长。
对于慢性细菌性结膜炎，需找到致病菌后有针对性治疗，可制作结膜涂片，用敏感药物，在临床上进行局部点眼，可能治疗周期较漫长。需告知患者定期复诊，一定要严格按照医生指导进行治疗。