口腔白塞氏病的病因与遗传、免疫、感染、微量元素缺乏有一定关系，免疫因素会导致局部口腔黏膜的免疫出现异常，抵抗力可降低，易产生各种疾病。另外是感染因素，口腔跟外界相通，号称体内四大细菌库之一，所以口腔平时有很多细菌，但该细菌可形成平衡，形成竞争而相互抑制。当其建立平衡以后，该细菌反而不会致病，可称作口腔正常菌群。一旦抵抗力下降或者内环境紊乱，有外来细菌的侵入，破坏正常的菌群。其它细菌进入后可进行生长，正常菌群存在时可抑制其它生长。但是平衡被打破时其它细菌进入就会引起感染，感染以后就会产生黏膜改变，可出现破溃，形成溃疡。
白塞氏病有时可由于其它疾病或感冒，导致免疫紊乱，出现局部皮肤黏膜破溃，形成溃疡。认为其与微量元素缺乏有关，所以要补充微量元素，可使免疫力、抗感染能力恢复。