慢性心房颤动最常见的并发症是脑卒中，引起脑卒中的原因主要是心房颤动的患者心脏不是规律收缩，血流处于瘀滞状态时更容易引起血栓形成。血栓形成后通过左心室出去，可能进入大脑，引起患者出现脑栓塞等相关问题。
对于有心房颤动的患者来讲，治疗的原则是抗凝治疗。只要房颤疾病持续存在，患者就需要终身进行抗凝治疗。凝治疗药物的选择，以前是服用华法林，但需要监测华法林的剂量。因为华法林的查血结果，也就是INR值过高或过低都会有问题。若过低可能达不到抗凝的效果，若过高可能会引起出血 ，脑出血带来的危害和脑梗塞相同。现在有新型抗凝药物，患者可以不用长期来监测凝血指标，会更方便，但是经济的付出会更大。