如果没有明显诱因而出现的肌肉酸痛，需要鉴别肌肉本身的问题，比如肌肉炎症，无论是多发性肌炎还是皮肌炎，都可以导致肌肉疼痛。但是皮肌炎容易合并有皮疹。如果是免疫介导的坏死性肌肉病，也可以有肌肉疼痛的表现，这时需要进行肌炎抗体检查。
如果出现发热，也可以导致肌肉酸痛。所以需要进行体温的监测，全身肌肉酸痛之后，需要注意尿的颜色，是否出现茶色尿。如果尿色发深，则需要警惕横纹肌的溶解。这时在剧烈运动之后，或患有遗传病，比如血卟啉病，可以导致尿色改变。
此外还要进行血液学检查，比如肌酸激酶、肌酸激酶同工酶检查。如果明显升高，需要考虑到肌肉损害的因素。还有全身性因素，比如内分泌功能的紊乱，甲亢、甲减或一氧化碳中毒等因素，可以导致肌肉的损害，所以要进行鉴别。