肝总管结石和胆总管结石不一样，肝总管和胆总管同属于肝外胆管，肝总管是指胆囊管开口以上的肝外胆管部分，长度较短，左右肝管汇合成为肝总管，肝总管和胆囊管汇入后称为胆总管。肝总管位于肝门区，而胆总管长度相对较长，所以临床上胆总管结石比肝总管结石更常见。
肝总管结石堵塞肝门部会出现肝内胆管扩张，但胆囊管位于肝总管下方，所以胆囊不会增大。而胆总管结石往往堵塞胆管中下段，会出现肝内和肝外胆管扩张，以及胆囊增大。胆管结石可以发生位置改变，肝总管结石可能进入胆总管，而胆总管结石同样会向上进入肝总 管，两者在治疗上区别较小，都需尽快通过外科手术或内镜下治疗将结石取出。