激光具有较强的生物效应，对于人体主要为刺激调整作用，不会造成生物组织的不可逆性损伤。其生物效应主要表现在刺激各种酶的活性、刺激机体免疫机能，起到抗炎及刺激组织生长、促进牙龈血液循环和组织愈合的作用。
激光可以用于机械治疗难以到达的部位，如根分叉区的辅助治疗，促进牙周膜细胞的增殖和再附着，有效减少根分叉区的骨质丧失。更重要的是大部分激光治疗属于微创操作，患者的就医感受较好，常规牙周治疗配合激光治疗的术后反应，如牙龈红肿、牙本质过敏都大大减轻，可以缓解患者牙周治疗的恐惧心理，有利于患者进一步配合后续的治疗。