很多疾病不能断根，但是有些病原体可以清除，肺炎支原体是少数细菌中能完全清除的病菌。一般支原体感染以后，患者可使用大环内酯类药物治疗，尤其是红霉素，治疗2周或者2周以上，理论上都可以清除病原体。
支原体感染不如其它细菌感染或者其它病原体感染需要较长治疗时间。比如结核菌要治疗半年至1年，甚至更长时间；真菌、霉菌也要治疗较长时间，有些细菌需要治疗1-2个月，比如金葡菌。所以支原体、衣原体感染治疗较快，但是患者会有感染或者复发，患者需要重视。如果基础疾病中，比如哮喘、有慢性支气管炎的患者，经常会有病原体感染，基础疾病不治愈，患者病情 会反复。