肛周脓肿目前有完全切开术或者切开引流加挂线等根治手术。尚无微创的根治手术，肛周脓肿切开引流、细针穿刺抽脓或者B超引导下穿刺引流，都属于创伤比较小、缓解症状的手术方法，但不能彻底根治。
通过上述引流方法处理后往往会形成肛瘘，在Ⅱ期肛瘘手术时可以采取微创的方法治疗，比如肛瘘挂线术、瘘管清创加纤维蛋白胶注射、肛瘘栓填塞术、括约肌间瘘管结扎术、括约肌间瘘管结扎加肛瘘栓填塞术，以及视频辅助下肛瘘治疗术等。
视频辅助治疗肛瘘这种方法是近几年才兴起的一种新的微创治疗办法，是通过瘘管镜插入到瘘管腔内，然后搔刮瘘管内的坏死组织，术后加用蛋白胶封堵瘘 管腔，然后再缝合瘘管内口。