做肠镜很少有副作用，但是会有些并发症，主要并发症是出血、穿孔，还有其它的并发症，比如病人有心肺疾病，这时可以出现部分心肺意外，因为做肠镜有痛苦。做肠镜并发症主要是在插镜过程中出现，可能会造成病人肠管牵拉以及肠道机械性损伤，造成出血、穿孔等，另外做息肉切除治疗也可以有些并发症，主要也是出血和穿孔。
现在内镜性能越来越好，医生技术水平越来越高，所以并发症非常少见。现在做肠镜检查，肠穿孔发生率大概在万分之几，甚至万分之一，因此针对这点可以放心。即使出现并发症也不用害怕，都有很多办法来进行弥补，能够预防发生更危险事情。