胃旁路手术的后遗症比较少，主要是微量元素和维生素的吸收问题。胃旁路手术是减重代谢手术一个经典的手术方式，减重代谢手术有两个经典的手术方式，一个是袖状胃切除，另外一个就是胃旁路手术。
胃旁路手术是通过将胃和小肠的正常生理结构进行改道，将后段的小肠提前与胃进行吻合，然后使食物现溶，同时食物快速进入后段小肠，达到刺激胃肠激素的改变，从而对于胰岛功能、胰岛素抵抗的症状缓解。
胃旁路手术本身对于正常的营养，比如脂肪、蛋白质以及碳酸化合物，即糖的吸收，正常情况下不会有太大影响，对于微量元素的吸收存在一定的影响，所以手术后可能会存在微量元素或者维生素吸收的短暂障碍。
这部分手术患者建议手术后1年之内常规地服用相关的微量元素药物，比如市面上常见的善存(多维元素片(29))等多种维生素和微量元素的咀嚼片，这种药物可以很好地进行缓解和预防。
胃旁路手术有手术后的后遗症，但是并不可怕，而且很大程度上通过常规治疗和预防手段得到纠正。