腹部磁共振通过磁共振的成像技术，可以了解各个脏器的形态学改变、功能性改变，以及周围血管、骨骼的变化，比如肝、胆、胰、脾等实质性脏器，可以通过磁共振来发现，肝脏内是否有血管瘤或囊肿、肿瘤，以及病变的发生。
另外，腹部磁共振可以检查器官的大小，以及外观是否有变化，比如肝脏是否有肝硬化的表现，或体积是否缩小，以及脾脏的体积是否增大，或胆囊体积是否变化，胆囊壁的厚度是否有变化，或胆囊内是否有其他的异常情况，比如是否有胆结石的存在。
腹部磁共振也可以观察空腔脏器，比如胃里面是否有胃壁的局限性增厚，肠道里是否有新生的物质，或肠壁是否增厚、水肿，是否有肠管的扩张、狭窄，以及腹部血管是否有变化。医生根据磁共振检查所获得的信息，同时还要结合患者的临床表现，以及血液学检测，综合判断是否有疾病的发生。