扁桃体癌与其他癌症类似，早期症状并不十分典型，可能表现为咽炎症状，如咽部异物感，吞之不下、吐之不出。另外也可以表现为急性或慢性扁桃体炎的症状，此时疼痛以局部疼痛为主，检查时可能发现扁桃体脓肿增大。随着病情的发展，症状会逐渐表露出来，此时可与以上疾病相鉴别。
扁桃体癌常为单侧发病，且多为鳞状细胞癌，检查时可发现肿块外生，或单侧扁桃体表面看到菜花状新生物。扁桃体癌也可能以顽固性、溃疡性为主要表现的癌症，在晚期可能引同侧引流淋巴结肿大，肿大的淋巴结通常质地较硬，与周围组织粘连严重，在B超检查时，可进行诊断性穿刺活检以进行鉴别。如果出现咽部不适、扁桃体区域不适，此时不能仅靠症状判定是否为癌症或良性，应到正规医院就诊进行检查。