龟头上长小疙瘩的常见原因如下：
1、龟头毛囊炎：龟头黏膜表面可形成疖肿样改变，表面发红，触之有疼痛感，常伴有局部疼痛症状；
2、龟头湿疹：在龟头表面可形成集簇样小水疱改变，常伴有红色小丘疹改变，可有局部瘙痒症状；
3、龟头珍珠疹：在龟头冠状沟表面可形成一圈红色小疙瘩改变，彼此独立排列，不伴有疼痛或瘙痒症状。此病好发于20-40岁青壮年男性，由于长期手淫或包皮龟头反复发炎，刺激龟头冠状沟，出现结缔组织增生；
4、龟头皮脂腺囊肿：此类患者也会出现龟头上长小疙瘩的症状。
因此，患者出现上述症状时，应及时到泌尿外科就诊，通过局部体检可以发现是否出现相应疾病。