阴茎内部发痒的原因如下：
1、淋菌性尿道炎：阴茎内部发痒最常见于淋菌性尿道炎，病人发生急性淋菌性尿道炎时，会在尿道黏膜表面形成水肿糜烂、水疱、脓疱，脓疱破裂后会形成脓性分泌物，造成尿道刺痒、尿道刺痛和尿道口有脓性分泌物症状；
2、衣原体性尿道炎：阴茎内部痒见于衣原体感染，发生衣原体性尿道炎时也会在尿道黏膜处出现水肿、糜烂，出现尿道发痒和轻微刺痛症状，多数病人还伴有尿道口稀薄分泌物症状；
3、白色念珠菌性尿道炎：阴茎内部痒见于白色念珠菌感染引起的尿道炎，白色念珠菌性尿道炎也会导致尿道发痒和尿道口有分泌物，部分病人表现为尿道外口发红，伴有尿频、尿急、排尿不尽等症状。
出现上述症状时，应及时到泌尿外科或男科就医，通过尿道分泌物培养、尿道病原学检查，通常可以明确诊断。