双肾多发性囊肿并不严重，如果囊肿比较小，对肾脏没有影响，可不予处理。如果囊肿较多，而且有些囊肿对肾实质产生影响，可以进行处理，比如囊肿＞5cm时可以用穿刺抽液术加囊肿固化治疗术。此方式创伤很小，副作用也很小，见效很快，有非常好的效果。对于大的囊肿，有些患者要进行手术治疗。
总的来说，多发性囊肿对肾脏影响小，患者不必过分担心。至于囊肿预后，绝大多数非常好，对于一些小囊肿可以不予处理，定期随访，每半年B超即可。对于＞5cm的囊肿，可以进行穿刺抽液加囊内注射固化剂治疗，手术方式损伤非常小，效果非常好，副作用也很轻，费用少，复发率低。对于大的囊肿，可以进行手术治疗，效果非常好。