肝脓肿导致患者死亡是因为感染没有得到有效的控制，使患者出现感染性休克、败血症，导致全身多器官功能衰竭，最后造成死亡。此类患者存在感染的症状，血液中的细菌会随着血液循环到达肝脏，而后可能在肝脏的某一个部位定植。因为患者的抵抗力也相对比较低，没有有效的将细菌清除，使细菌在肝脏部位大量的增殖，形成炎症。
而炎症与机体抵抗力形成对抗，如果抵抗力得到有效的加强，在医生或药物的帮助下，可以消除炎症。如果抵抗力没有得到有效的加强，没有能力抵抗炎症，炎症则可以扩散，如果双方僵持不下，细菌可能仅 局限在肝脏，形成脓肿。而脓肿会出现大量脓液，而脓液是细菌感染后的大量分泌坏死的液体。如果脓肿一旦破溃或炎症扩散，患者则会出现心率增快、血压下降，体温上升到39℃甚至40℃，诱发患者的心脏、肝脏、肾脏功能衰竭，可能危及患者生命，甚至导致患者死亡。