巧克力囊肿的原因到目前为止还没有完全明确，主要原因涉及到机体免疫功能、遗传、环境等因素。主要学说包括以下几种：
1、经血逆流种植学说：月经血会经过输卵管逆流到盆腔里，经血里有一些细胞在盆腔里扎根、发芽、生长，形成了子宫内膜异位症，经血逆流是比较主流的学说；
2、体腔上皮化生学说：化生是一种医学术语，即正常细胞向另一种细胞转化。体腔上皮是由于间皮组成，但是这种间皮如果向上皮发展会形成子宫内膜异位症；
3、免疫缺陷：会导致经血中的细胞适合于种植，也是原因之一；
4、对于远处盆腔以外部位的子宫内膜异位症，是一种淋巴或者血行转移学说。子宫内膜细胞经过经血或经过血液、淋巴液转移到盆腔以外部位，生根、生长形成腹腔远处内膜异位症，发生转移。
有一些因素会促进内膜异位症发生和发展，月 经持续时间长的妇女，容易患内膜异位症，比如初潮早、绝经晚，体内长期雌激素刺激，此类女性容易患子宫内膜异位症。正常情况下月经经阴道排出，如果阴道局部或者生殖道有梗阻的病人，经血不能够通过阴道流出而逆流到盆腔和腹腔，这些病人也容易患子宫内膜异位症。有一些免疫系统的疾病，不能有效清除盆腔和腹腔逆流经血，病人也容易患子宫内膜异位症。巧克力囊肿是子宫内膜异位症最重要的一种表现形式，也是临床医生处理最多的子宫内膜异位症的类型。