临床上初步诊断胃食管反流性疾病，主要通过以下三个方面。首先评估患者是否具有典型的胃食管反流性的症状，包括反酸和烧心。通常还会评估胃食管反流性疾病的量表，来判断胃食管反流性疾病方面的概率。同时常规运用PPI的实验，按照正规剂量运用质子泵抑制剂治疗8周时间，来评估患者典型症状的缓解程度。通过以上三个方面，进行初步诊断，患者是否患有胃食管反流性疾病。
临床上，还会综合考虑到胃镜、24小时测酸以及食管测压的检查。胃镜可以判断患者是否患有反流性的食管炎，同时还可以观察并评判食管的其他疾病，包括是否合并有Barrett食管等。24小时测酸最能够准确反映患者胃酸反流的类型以及程度，在临床诊断上最具价值和意义。食管动力的测定，可以排除患者是否患有功能性的食管疾病。