绒毛膜癌治疗原则以化疗为主，手术和放疗为辅，为综合治疗方法。根据患者年龄、妊娠史、HCG高低、肿瘤范围、转移部位数目、既往有无治疗史、肿瘤分期和预后评估，通常会分为低危组和高危组，制定个体化治疗方案。低危组通常行单药化疗，高危组通常选择联合化疗方案。常用化疗药物包括甲氨蝶呤、放线菌素、环磷酰胺、长春新碱、氟尿嘧啶、VP16等。
手术作为辅助治疗，会在特定情况应用。例如较难控制大出血、肿瘤穿孔等；或出现并发症；多次化疗以后仍然存在未能清除的孤立病灶，此时可以应用手术治疗。目前较少应用放射治疗，仅用于肝、肺、脑等部位出现耐药病灶的治疗。