普通超声彩超可以检查胃肠道，但临床并不常用。因为胃肠道有较多气体，超声彩超在气体较多的情况下观察效果较差。目前随着内镜的进一步发展，超声内镜应用比较普及。如果发现胃内有病变，可以在超声内镜下进行超声探查，从而观察病变来源、层次，以及侵犯范围，是超声内镜的优势。
因此普通彩超较少用于胃肠道检查，有些二级医院或者部分三级医院在病人无法进行CT或者胃镜检查时，为明确胃内是否有结石等病灶，有时会采取彩超，从而探查胃壁大致厚度，胃腔内有无异物。现在进行胃肠检查多半采取内窥镜等检查方式，如果要进一步明确肠壁、胃壁的情况，可以采取超声内镜检查。