咽鼓管功能不良是否对健康造成严重影响，主要取决于咽鼓管功能不良的严重程度，以及持续时间。
如咽鼓管功能不良为短期、新发或轻度，患者可能除局部耳闷堵不适外，无其他更为严重的影响，此种情况无需担忧。应用药物治疗或者进行吹张训练后，咽鼓管功能可较快恢复。
但如咽鼓管功能不良为长期、持续且较严重，则可由于咽鼓管功能不良而造成患侧中耳出现一系列病理改变，如中耳渗液、上鼓室胆脂瘤形成等，导致听力持续性下降，或永久性听力损害。如胆脂瘤持续进展，可造成一系列并发症。此种情况 患者需尽早对咽鼓管功能不良进行干预，防止后续出现一系列病理改变。