肺炎或肺部感染，最重要的治疗措施是有效控制感染。引起肺炎或肺部感染的细菌、病毒、支原体非典型微生物有很多种。针对不同种类的病原体，选用的药物不一样。
老人和小孩病毒性肺炎或者支原体肺炎的发生率有一定比例，针对非典型病原体，可使用抗病毒药物。尤其在流感流行期间，使用有效的药物有一定的必要性。小孩支原体肺炎发生率高，可使用大环内酯类药物，比如阿奇霉素或者红霉素等药物。
细菌性肺炎分为社区获得性肺炎和医院获得性肺炎，也就是在家庭和社区环境当中所得的肺炎属于社区获得性肺炎。最常见的原因还是肺炎链球菌感染，针对肺炎链球 菌，各种头孢菌素，喹诺酮类药物都有效。如果是经常反复肺部感染，有可能会出现细菌的耐药性，时间越长或者既往用药史越多，耐药可能性越大。对于这种情况，在选用抗生素时要适当考虑避免以前或者近期所使用过的抗生素，以避免耐药性产生。除了抗感染以外，还要使用必要的化痰药、舒张气道药物，有利于痰液排出，能够针对性治疗引起感染的原因。