化脓性中耳炎的鉴别诊断主要有以下几种：
1、与中耳结核相鉴别：中耳结核的病人多数有结核感染病史，尤其是肺结核，表现为外耳道内有血水、分泌物，分泌物可能有异味，但不是臭味；通过CT影像学检查可看到中耳结核有骨质破坏，最大的特点是病变腔内有死骨形成，这是中耳结核最典型的特征；还可结合PPD试验即结核菌素试验来排查全身情况，有无结核活动期感染；
2、与中耳胆脂瘤鉴别：中耳胆脂瘤也是较常见的中耳疾病，最大的特点是外耳道有恶臭性分泌物，类似于臭鸡蛋味道，这是中耳胆脂瘤最常见的表现，查体能看到外耳道有灰白色的胆脂瘤上皮；
3、与中耳癌鉴别：中耳癌是中耳的恶性肿瘤，发病率相对较低，但患者预后不好。