肛瘘术半年之内，尤其是3个月之内瘢痕较硬、弹性差，有针扎式疼痛或挛缩式疼痛，此时建议用软化瘢痕的药膏尽早软化，减少瘢痕引起的疼痛。肛瘘治疗原则为敞开整个瘘管，帮助里边坏死组织脱落，分泌出脓液，最后填充肉芽组织，待皮肤爬上瘘管才能彻底治愈。最终会形成瘢痕，但是瘢痕大小取决于瘘管的情况，具体如下：
1、高位肛瘘瘢痕较重，因为破坏的括约肌较多；
2、低位肛瘘瘢痕较轻；
3、复杂性肛瘘瘢痕因切开位置较多，故瘢痕较重；
4、单纯性肛瘘瘢痕较少，但依然存在瘢痕。
瘢痕与正常组织不同，相对较 硬，没有正常组织的弹性。但随着时间推移，一般瘢痕在3-6个月以后会与正常组织基本融合，性状、弹性基本与正常组织接近，此时就不会引起各种不适。