多数矮小症儿童通过正规的治疗可以获得满意疗效，关键是要早期诊断，正规治疗。首先要明确儿童矮小的原因，针对病因采取相应的规范治疗方法。首先正确诊断才有治疗，治疗前需要完善相关检查、明确诊断，充分告知家长治疗的益处与风险。并非所有矮身材都需要治疗或能治疗，比如体质、青春发育延迟、软骨发育不良等情况。
应当针对不同病因给予不同治疗，如生长激素缺乏症患儿，可使用重组人生长激素治疗；甲状腺功能减低症的患儿口服左旋甲状腺素片治疗；营养素缺乏的患儿通过改善营养后一般会生长加速。
其实大多数孩子个子矮小，并不能找到明确的致病原因，这种情况称为特发性矮小。对于特发性矮小也可以给予重组人生长激素治疗，一般都会收到很好的疗效。