单侧睾丸小一般只需要在门诊随访观察，必要时候进行手术探查。如果是双侧睾丸小，可能存在内分泌疾病或考虑性发育异常，需要进一步检查和治疗。单侧睾丸较对侧稍小，而对侧正常，每年门诊随访观察患儿睾丸发育情况即可，青春期以后大多可以发育正常。如果一侧睾丸明显小于对侧，如像绿豆大小，许多医生有时会误诊为隐睾，但本质属于萎缩睾丸，以后有恶变可能。这种情况下门诊密切观察的同时，还要考虑是否需要手术切除以及手术切除时间，同时检查染色体，明确是否存在染色体异常。
双侧睾丸小的原因之一是存在内分泌 疾病，睾丸发育依赖于大脑分泌促性腺激素，如果是大脑分泌促性腺激素不足，会出现睾丸发育不良，表现为睾丸小，明确诊断后给予激素治疗。双侧睾丸小需要考虑是否存在性发育异常，如先天性睾丸发育不良或部分睾丸发育不全，进一步查睾丸功能、基因检查等，明确诊断后补充睾酮等，促进儿童以后的青春发育。