黏液性卵巢囊肿的治疗只有通过手术的办法来处理，药物对于新生的肿瘤没有任何作用。
对于黏液性肿瘤，做手术的时候要特别注意，因为这类肿瘤有一个特点，如果在手术当中发生破裂，黏稠的液体会进入腹腔，可以种植到腹腔的任何部位，增生形成的瘤样物，叫腹膜黏液瘤。虽是良性肿瘤，但到处种植的行为是恶性行为，所以一旦黏性肿瘤破裂危害很大。
所以在做黏液性肿瘤手术时要特别注意不要把肿瘤碰破，一旦碰破，后果比较麻烦，尽管是良性的黏液性肿瘤，因为黏液到处种植，有可能出现肠管的粘连等非常不良的后遗症，这个问题需要特别注意。