头孢克肟和头孢氨苄都是头孢菌素类抗菌药物，两者都是口服剂型。它们主要的区别在于头孢克肟是第三代头孢菌素，头孢氨苄是第一代头孢菌素，两者抗菌谱的侧重点有所不同。头孢克肟抗菌谱广在治疗由革兰氏阴性菌引起的呼吸系统、泌尿系统、胆道系统感染时，头孢克肟比头孢氨苄的效果会更好，而对于革兰氏阳性菌引起的感染，如链球菌咽峡炎、皮肤软组织感染、创伤感染等，则是头孢氨苄的强项。
头孢克肟为了更好地对付革兰氏阴性菌，在化学结构上牺牲了部分对革兰氏阳性菌的活性，因此头孢克肟虽然是后面研发的药物，但对于革兰氏阳性菌的杀菌效力却比不过头孢氨苄。 头孢克肟的优势在于对革兰氏阴性菌产生的常见β-内酰胺酶较稳定，因而对革兰氏阴性菌有很强的活性，而头孢氨苄对革兰氏阳性菌有良好的抗菌活性。