甲状腺肿大是否能自愈，与导致甲状腺肿的具体原因有明显关系，如因缺乏碘而导致甲状腺代偿性增大，由于碘缺乏甲状腺素合成受到障碍，如果长期碘摄入不足，会引起甲状腺肿大，如果及时补充碘剂，甲状腺肿大情况会自然消失。
特殊疾病导致甲状腺肿大，大多需要进行药物或手术治疗，如甲状腺肿瘤性疾病。由于甲状腺肿瘤呈现为膨胀性生长，如果产生压迫症状，比如压迫气管、食管等，会引起相应呼吸和吞咽困难。即使给予药物或其他辅助治疗，也不会对局部肿物产生过多影响，只有通过手术切除，才能去除导致甲状腺肿大，同时会缓解相应症状。进行甲状腺肿大治疗时，还要注意甲状腺功能检查，如果出现甲状腺功能异常，要注意通过饮食与药物辅助，平衡甲状腺功能。