如果只是中指指甲凸凹不平，可能是局部因素导致，比如局部指甲有真菌感染引起灰指甲，导致指甲凸凹不平等。皮肤癣菌等致病真菌侵袭指甲甲板引起甲板结构异常，颜色变黄，表面也会变得凸凹不平，甚至缺损，通过真菌检查可以明确是否为真菌感染引起的指甲凸凹不平。
另外，局部指甲受过外伤也可以导致指甲部位凸凹不平，或者甲根部、甲周出现慢性炎症，比如甲沟炎，影响指甲甲母质后，导致深层甲板结构异常，也可以出现凸凹不平。指甲根部其他皮肤病比如有扁平苔藓、银屑病、反复发作的慢性皮炎湿疹等均可以影响甲根部的甲 母质，导致指甲出现凸凹不平。如果不仅是中指指甲凸凹不平，其他指甲也有，还要考虑全身性因素，比如缺乏维生素、微量元素、营养不良、患有胃肠道疾病等均可能导致多个指甲凸凹不平。