头孢克肟的治疗疗程，要根据具体病情决定。一般情况下头孢克肟服用5-7天，最好不要超过14天。对于比较轻的感染如上呼吸道感染，可能服用头孢克肟3-5天就可以有效。对于比较严重感染如肺炎、泌尿系感染，头孢克肟疗程可能较长，需要1-2周左右。
头孢克肟属于头孢三代抗生素，对革兰氏阴性菌效果比较好。临床可以用来治疗大肠杆菌、肠杆菌、克拉伯杆菌、变形杆菌等感染，比如呼吸道感染、泌尿系统感染、胆道系统感染、胃肠道感染、盆腔感染腹膜炎等。如果服用头孢克肟1周左右未见效，要考虑换用其他抗生素，有可能感染菌对头孢克肟不敏感。最好能做细菌培养、药敏试验，根据细菌培养、药敏试验，选择敏感抗生素，达到比较好抗原效果。