女性尖锐湿疣因为解剖结构相对比较复杂，治疗起来相对稍麻烦，建议患者到专业机构进行治疗。少数散发、孤立的皮损可选用药膏进行涂抹，单纯起到去除疣体的作用，但大部分情况下，因为女性生殖器结构比较复杂，还是建议到专业机构进行治疗，专业医生会根据具体情况选择物理、化学或生物免疫的方法去除疣体，去除疣体后还会建议抹些药物去清除病毒，最终可能提高一些免疫力，能够防止复发的问题。
对于女性尖锐湿疣，即使处理掉了尖锐湿疣，疣体不再长了，也一定要检查阴道和宫颈上是否有高危HPV感染的问题。女性尖锐湿疣可由低危型HPV感染造成也可由 高危型HPV感染造成。如果高危型HPV感染，阴道内和宫颈上感染高危型HPV病毒有可能引起癌变。所以不能简单的只考虑把外面的疣体去掉，一定要注意有没有宫颈高危HPV感染的问题。