具体针对功能性消化不良患者需要服药多长时间，一般来讲没有确切疗程，与治疗效果、患者的反应程度有关。比如患者治疗两周以后临床症状消失，症状消失后即可停药，然后通过调整生活方式进行预防。还有一部分患者有精神心理障碍，这部分患者可能需要治疗的时间要长一些，比如可能最少要3-6个月，严重者甚至需要精神专科的医生协助进行治疗。
功能性消化不良属于功能性疾病，发病原因主要与胃肠动力紊乱、幽门螺杆菌感染、胃酸分泌的异常，及精神心理因素、内脏感觉异常等有关系。
针对功能性消化不良，主要是通过这些方面进行调整，比如调整胃肠道动力，可以选用促动力药及双向调节药物；针对幽门螺杆菌的感染可以选择根除幽门螺杆菌的治疗；针对胃酸的分泌可能采取H2受体阻断剂和质子泵抑制剂；对一些精神心理因素可能要通过心理疏导及一些药物治疗。